Здравствуйте.
На самом деле у всех разъяснений свои исполнители, у которых разное мнение.
В разъяснениях получается как-то так. Когда касается исключительно постановки на учет, то вроде как трактуется, что необъекты не должны вставать на учет. Эту позицию можно понять, потому что объем работы очень велик и хотят снизить нагрузку исключив из процесса учета необъекты. Но и ведь в этом случае прямо-то никто не пишет, что подавать заявку не нужно.
Так обтекаемо дают ответ, что потом можно как сказать и так и так.
Но вот когда разъяснения касаются платежей, то сразу вспоминают, что факт присвоения категории подтверждается документально - свидетельством.
На мой взгляд нужно консультироваться на местах, причем объектам регионального контроля лучше консультироваться и в ТО Росприроднадзора и ОИВ субъекта, т.к. на учет ставить будут ОИВ субъекта, а администратор платы - Росприроднадзор.
Например, в ДПР Костромской области ответили коллеге так: "Тебе конечно не нужно подавать заявку, потому что ты мертвого достанешь, а вот клиентам твоим я бы рекомендовал подать. Кто знает, что потом инспекторам в голову придет". В Управлении Росприроднадзора специалист в отпуске до понедельника (главное вовремя взять отпуск, глядишь, разрулится все и без тебя)))).
А где-то и плата остается, независимо от категории)))